BioExcel workshop

BioExcel workshop on GROMACS and HADDOCK

  • Dátum: 18. – 19. október 2023
  • Miesto: Prírodovedecká fakulta UK, Ilkovičova 6, Bratislava
  • Formát: hybridný, ale odporúča sa osobná účasť
  • Workshop s praktickými cvičeniami
  • Bezplatná registrácia

Slovenské, rakúske, české a maďarské kompetenčné centra pre vysokovýkonné počítanie v spolupráci s centrom exclentosnti BioExccel organizujú 1,5-dňový workshop zameraný na softvérový balík GROMACS. Dôraz sa bude klásť na základné využitie a nasadenie vysokovýkonného počítania s využitím GPU akcelerátorov. Program bude zahŕňať aj ďalšie moduly pre GROMACS vyvinutých centrom excelentnosti BioExcel (Haddock alebo PMX).

Workshop bude prebiehať v Bratislave, kam sa dá dostať pohodlne zo všetkých zapojených krajín: Slovensko, Česko, Rakúsko a Maďarsku. Účastníci z celej siete EuroCC sú vitaní. Podujatie je organizované v hybridnom formáte, avšak dôrazne sa odporúča osobná účasť. Osobná účasť vám umožní vyťažiť maximum z workshopu, úzko spolupracovať s lektormi počas prednášok a praktických cvičení a dozvedieť sa viac!

Registrácia je ukončená.

Sledujte profily NCC na sociálnych sieťach:

NCC SlovakiaNCC AustriaNCC CzechiaNCC Hungary

O BIOEXCEL

BioExcel je popredné európske centrum excelentnosti pre výpočtové štúdium biomolekúl. Je to hlavné výskumné a inovačné centrum pre vedecké výpočty, ktoré vyvíja niektoré z najpopulárnejších aplikácií na modelovanie a simulácie biomolekulových systémov. BioExcel bol založený v roku 2015 a momentálne je podporovaný programom Horizon Europe.

Jeho cieľom je urýchliť vývoj a rozšíriť funkcionalitu najpoužívanejšieho európskeho open-source softvéru pre výpočtové štúdium biomolekúl: GROMACS pre simulácie molekulárnej dynamiky; HADDOCK pre integračné dokovanie; PMX pre bezplatnú prípravu výpočtu energie a zabezpečiť, aby to naďalej dosahovalo významný vplyv v medzinárodnom HPC prostredí. Tieto aplikácie je možné používať s rôznymi nástrojmi na predbežné a následné spracovanie v rámci user-friendly postupov a kontajnerových riešení. Softvérový balík ponúka výnimočný výpočtový výkonom a možnosti škálovateľnosti aj pre najväčšie svetové high-performance computing (HPC) a high-throughput computing (HTC) systémy.

BioExcel úzko spolupracuje s Európskym spoločným podnikom pre vysokovýkonnú výpočtovú techniku (EuroHPC JU) a zúčastnenými členskými štátmi, ako aj sieťou národných kompetenčných centier pre HPC

O GROMACS a HADDOCK 

GROMACS je jedným z najpoužívanejších softvérových balíkov na simuláciu biologických makromolekúl. Zameriava sa na vykonávanie simulácie veľkých, biologicky relevantných systémov so zameraním na to, aby boli efektívne a flexibilné, aby umožnili výskum množstva rôznych systémov.

Je to tiež jeden z najpoužívanejších vedeckých softvérových balíkov na svete, je to najväčší bezplatný softvér a open-source aplikácia v biomolekulovom výskume a jediný z hlavných balíkov na simuláciu molekulárnej dynamiky v Európe. GROMACS dokáže efektívne využívať tisíce jadier a stovky urýchľovačov paralelne, čo umožňuje výskumníkom študovať veľké a zložité biomolekulové systémy pomocou superpočítačových infraštruktúr.

HADDOCK je všestranný informačne riadený flexibilný dokovací prístup na modelovanie biomolekulových komplexov. HADDOCK sa odlišuje od metód ab-initio dokovania v tom, že dokáže integrovať informácie odvodené z biochemických, biofyzikálnych alebo bioinformatických metód na zlepšenie odberu vzoriek, hodnotenia alebo oboch. HADDOCK podporuje začlenenie údajov z NMR a iných biofyzikálnych metód, napr. Údaje o krížových väzbách a mutagenéze MS na riadenie procesu modelovania a použitie údajov SAXS a IM-MS na filtrovanie riešení dokovania.

PROGRAM

18. októbra GROMACS

9:00 – 9:05 Welcome
9:05 – 9:10 BioExcel Introduction
9:10 – 9:45 Úvod do simulácie molekulovej dynamiky a GROMACS (časť I)
9:45 – 10:00 Q&A
10:00 – 10:30 Úvod do simulácie molekulovej dynamiky a GROMACS
10:30 – 10:45 Q&A
10:45 – 11:15 Prestávka
11:15 – 12:45 Tutoriál GROMACS: Protein-Membrane
12:45 – 14:00 Obed
14:00-14:30  Running GROMACS on CPU and GPU
14:30 – 14:45 Q&A
14:45 – 15:15 Hands-on
15:15-15:45  Prestávka
15:45 – 16:30 Hands-on
18:00 Social dinner (Sky bar restaurant (7th floor), Hviezdoslavovo námestie 7, Bratislava)
Školitelia: Alessandra Villa, Catherine Bergh, Farzaneh Jalalypour

19. októbra HADDOCK

09:00 – 10:30 Integratívne modelovanie HADDOCK
10:30 – 11:00 Prestávka
11:00 – 12:45 Návod – HADDOCK
12:45 – 14:00 Obed
Školitelia: Rodrigo Vargas, Alexander Bonvin, Marco Giulini

PRAKTICKÉ INFORMÁCIE & CESTOVANIE

Podujatie bude prebiehať na Prírodovedeckej fakulte Univerzity Komenského v Bratislave v miestnosti CPS+ (číslo miestnosti je B1-322).
Adresa fakulty: Mlynská dolina, Ilkovičova 6, 842 15 Bratislava.
GPS : 48°09’00,12″ | 17°04’17,85″

Vstup na workshop a program workshopu je pre registrovaných účastníkov bezplatný. Ľahké občerstvenie a kávu zabezpečia organizátori.

Aby ste sa mohli zúčastniť praktických častí, budete potrebovať vlastný laptop. Pre praktické cvičenia bude použitý HPC systém Devana. Prístupové informácie a pokyny budú poskytnuté krátko pred workshopom.

Ako sa dostať do Bratislavy

Letecky: Bratislava Airport (BTS)

Priame lety lietajú do mnohých destinácií v Európe a priame lety do Bratislavy prevádzkuje množstvo leteckých spoločností. Bratislavské letisko je dostupné z centra mesta za 15–20 minút. Do centra mesta sa dostanete taxíkom – nezabudnite sa vopred opýtať na cenu alebo použite mobilnú aplikáciu HOPIN. Ak cestujete s obmedzeným rozpočtom, nastúpte na autobus č. 61 na hlavnú vlakovú stanicu. Do centra mesta sa odtiaľto dostanete pešo za 15 minút alebo autobusom č. 93 (zástavka Hodžovo námestie) alebo električkou č. 1 (zástavka Námestie SNP). Autobusové lístky sú k dispozícii v automatoch na autobusové zastávky alebo v kioskoch. Lístky stoja okolo 1 EUR a musia byť označene v automatoch v autobusoch.

Letecky: Vienna – Schwechat Airport (VIE)

Letisko Viedeň-Schwechat je len 40 kilometrov západne od Bratislavy a je jednou z hlavných brán na Slovensko. Autobusy do Bratislavy odchádzajú v 30 až 60-minútových intervaloch. Lístky sa dajú kúpiť v autobuse aj online prostredníctvom nasledujúcich spoločnosti slovaklines.sk, regiojet.com, flixbus.com.

Vlakom: ZSSK – Slovenský národný dopravca

Bratislava je prepojená s hlavnými linkami z Prahy, Budapešti, Viedne a rôznych regiónov Slovenska. Bratislavská hlavná stanica má dobré spojenie so zvyškom mesta električkami, autobusmi alebo trolejbusmi a do Starého Mesta sa dostanete pešo len za 15 minút. Z vlakovej stanice v Petržalke do centra mesta sa dostanete autobusmi č. 80, 91, 93.

Vlakom: RegioJet

Dopravca RegioJet zabezpečuje spojenie do Prahy, Brna a Pardubíc.

Autobusom

Bratislava je tiež spojená s mnohými európskymi mestami prostredníctvom siete autobusových liniek. Má časté spoje do okolia, ako aj do iných regiónov Slovenska. Hlavná autobusová stanice je Mlynské Nivy. Autobusy medzi Bratislavou a Viedňou premávajú v hodinových intervaloch.

Užitočné odkazy:

Slovaklines

regiojet.com

flixbus.com

Autom

Bratislava sa nachádza na križovatke niekoľkých dôležitých diaľnic. Vzdialenosť do Prahy je 330 km, Budapešti 200 km a Viedne 65 km. Ak prichádzate vlastným autom, musíte mať platnú elektronickú diaľničnú známku, aby ste mohli používať určené úseky diaľnic a rýchlostné cesty. Vineta sa vzťahuje na konkrétne časové obdobie bez ohľadu na prejdenú vzdialenosť alebo počet ciest. The minimálna doba platnosti je desať dní (stoja okolo 10 EUR). Ďalšie informácie získate kliknutím TU.

Zdroj – visitbratislava.com, kde nájdete množstvo užitočných tipov na cestovanie po Bratislave.

Kde sa ubytovať v Bratislave

Rôzne hotely, hostely, penzióny a ubytovanie v súkromí je možné rezervovať prostredníctvom štandardných poskytovateľov napr. Trivago alebo booking.com.

V blízkosti fakulty sa nachádza zopár hotelov:
Hotel Sorea Regia
Ako sa dostať z hotela na fakultu? => Električka č. 9 zo zastávky Kráľovské údolie na zastávku Botanická záhrada + 13 minút pešo.

Hotel Devin
Ako sa dostať z hotela na fakultu? => Električka č. 4 zo zastávky Most SNP na zastávku Riviera + 13 minút pešo.

Grand Hotel River Park
Ako sa dostať z hotela na fakultu? => Električka č. 4 zo zastávky Chatam Sófer na zastávku Botanická záhrada + 12 minút pešo.

Hotel Družba
Hotel Družba je cenovo dostupné ubytovanie pre študentov. Hotel sa nachádza 1,1 km od fakulty (14 min. pešo).

Training materials:

Introduction to molecular dynamics simulation and GROMACS: 

https://zenodo.org/records/10017516

Running GROMACS on CPU and GPU: 

https://zenodo.org/records/10017683 

Tutorial “GROMACS Protein-Membrane / Introduction to Membrane-Protein Simulation”:
https://tutorials.gromacs.org/membrane-protein.html

Tutorial “Running GROMACS on CPU and GPU”:
https://hackmd.io/@M6Ldm9LPQ1CAIclMXIVZKA/BkyDpLux6

Integrative modelling with HADDOCK:

https://www.dropbox.com/scl/fi/54w6n9tapuaj4jhmjf27r/2023-10-HADDOCK-BioExcel-Bratislava.pdf?rlkey=fringazzci8o0gdcnbl8aw219&dl=0