NCC and CoE Collaboration: BioExcel Workshop on GROMACS and HADDOCK
On October 18 and 19, 2023, a workshop focused on working with GROMACS and HADDOCK software tools was held in Bratislava. The workshop was the result of cooperation between competence centers in Slovakia, v Austria, Czech Republic and Hungary with BioExcel center of excellence. The BioExcel CoE team develops both applications, so experienced lecturers could not only show common simulations and modeling, but also answer specific questions from participants.
The workshop was held in a hybrid format. As the host organization was NCC Slovakia (with the support of the Austrian NCC), the new Slovak supercomputer Devana was used for hands-on exercises. In addition to the theoretical lecture, during the first day, the participants tried molecular dynamics simulation for a simple membrane protein using GROMACS, including setting up the input files, as well as the simulation itself for energy minimization and data production. The exercise was carried out using an interactive Jupyter notebook. An interesting part was the calculations with the use and comparison of the performance of the application on CPU and GPU computing servers.
The second day of the workshop was devoted to the HADDOCK tool, which is used for integrative modeling of various types of biomolecular systems and their interactions. The HADDOCK3 version is currently available, which offers a modular workflow setup in addition to data-driven docking. The user can choose his own combination of independent modules for his specific case.
Links to the materials can be found on the workshop page HEREWe would like to thank all partners and we believe that the lectures and workshops were beneficial for the participants. We also believe that we will be able to offer similar events in the future thanks to our cooperation with the EuroCC community and centers of excellence.
Nová éra spolupráce v slovenskom HPC: Začíname budovať HPC ekosysém spolu s Eviden 13 Jun - V slovenskom HPC ekosystéme sa začína nové, mimoriadne zaujímavé obdobie. Ako ste už určite zachytili, Slovenská akadémia vied realizuje projekt s názvom „Budovanie superpočítača pre Národné superpočítačové centrum“, ktorý prinesie novú výpočtovú infraštruktúru pre potreby vedy, výskumu, inovácií aj verejných služieb. Ako Národné superpočítačové centrum sme radi, že môžeme byť pri tom – a stáť pri zrode spolupráce, ktorá má potenciál významne ovplyvniť ďalší rozvoj tejto oblasti na Slovensku. Hovoríme o začiatku partnerstva medzi Národným superpočítačovým centrom a spoločnosťou Atos Eviden, ktorá tento stroj dodáva.
NSCC a NCC pre HPC na veľtrhu Portugal Smart Cities Summit 2025 12 Jun - Ako budú vyzerať mestá budúcnosti? Aké technológie ich premenia na inteligentné, udržateľné a inkluzívne prostredia pre život a prácu? Aj o tom sa hovorilo na Portugal Smart Cities Summit, jednom z najväčších veľtrhov zameraných na smart technológie, ktorý sa konal od 3. do 5. júna 2025 v Lisabone. 
HPC as a Bridge Between Slovak and French Research and Innovation 9 Jun - HPC ako most medzi slovenským a francúzskym výskumom a inováciami Dnešné stretnutie na pôde Francúzskeho veľvyslanectva na Slovensku a Francúzskeho inštitútu v Bratislave sa nieslo v duchu posilňovania bilaterálnych vzťahov v oblasti výskumu, inovácií a technologického rozvoja. Vďaka otvorenému a konštruktívnemu dialógu medzi partnermi sa podarilo položiť základy konkrétnej spolupráce v oblasti vysokovýkonnej výpočtovej infraštruktúry […]