Kategórie
Všeobecné

Spolupráca NCC a CoE: BioExcel workshop on GROMACS and HADDOCK

V dňoch 18. a 19. októbra 2023 sa v Bratislave konal workshop zameraný na prácu so softvérovými nástrojmi GROMACS a HADDOCK. Workshop bol výsledkom spolupráce kompetenčných centier na Slovensku, v Rakúsku, Českej republike a Maďarsku s centrom excelentnosti BioExcel. Tím BioExcel CoE vyvíja obe aplikácie a tak mohli skúsení lektori nielen ukázať bežné simulácie a modelovanie, ale aj odpovedať na špecifické otázky účastníkov.

Spolupráca NCC a CoE: BioExcel workshop on GROMACS and HADDOCK

V dňoch 18. a 19. októbra 2023 sa v Bratislave konal workshop zameraný na prácu so softvérovými nástrojmi GROMACS a HADDOCK. Workshop bol výsledkom spolupráce kompetenčných centier na Slovensku, v Rakúsku, Českej republike a Maďarsku s centrom excelentnosti BioExcel. Tím BioExcel CoE vyvíja obe aplikácie a tak mohli skúsení lektori nielen ukázať bežné simulácie a modelovanie, ale aj odpovedať na špecifické otázky účastníkov.

Workshop sa konal v hybridnom formáte. Keďže hostiteľskou organizáciou bolo NCC Slovensko (s podporou rakúskeho NCC), pre hands-on cvičenia sa využíval nový slovenský superpočítač Devana. Okrem teoretickej prednášky si počas prvého dňa účastníci vyskúšali simuláciu molekulovej dynamiky pre jednoduchý membránový proteín pomocou GROMACS vrátane nastavenia vstupných súborov, ako aj samotnej simulácie pre minimalizáciu energie a produkciu dát. Cvičenie bolo realizované pomocou interaktívneho Jupyter notebooku. Zaujímavou súčasťou boli výpočty s využitím a porovnaním výkonu aplikácie na CPU a GPU výpočtových serveroch.

Druhý deň workshopu bol venovaný nástroju HADDOCK, ktorý sa používa na integratívne modelovanie rôznych typov biomolekulových systémov a ich interakcií. V súčasnosti je dostupná verzia HADDOCK3, ktorá ponúka okrem „data-driven docking“ aj modulárne nastavenie pracovného toku. Používateľ si môže pre svoj špecifický prípad vybrať vlastnú kombináciu nezávislých modulov.

Linky k materiálom nájdete na stránke workshopu TU. Ďakujeme všetkým partnerom a veríme, že prednášky a cvičenia boli pre účastníkov prínosné a že podobné podujatia vďaka spolupráci s komunitou EuroCC a centier excelentnosti ponúkneme aj v budúcnosti.

Možnosti využitia HPC pre MSP 21 mar - Dňa 19. marca sa v Bratislave uskutočnilo podujatie s názvom Objavte potenciál supepročítača v praxi, ktoré združilo odborníkov z Národného kompetenčného centra HPC (NCC) a Slovenskej obchodnej a priemyselnej komory, čím sa otvorili nové horizonty prespoluprácu s podnikmi využívajúcimi veľké dáta, simulácie, umelú inteligenciu vo vývoji alebo výrobnej technológií.
EuroHPC JU: Prístup k superpočítačom pre aplikácie umelej inteligencie a pre dátovo náročné výpočtyEuroHPC JU: 15 mar - EuroHPC zverejnilo nový typ výzvy Access Call for AI and Data-Intensive Applications. Výzva je určená pre priemyselné organizácie, malé a stredné podniky (SME), začínajúce firmy aj subjekty verejného sektora, ktoré potrebujú prístup k superpočítačovým zdrojom, a to pre aplikácie umelej inteligencie a pre dátovo náročné výpočty.
EuroHPC JU Call for Proposals for Benchmark Access 2024 15 mar - Cieľom výziev EuroHPC JU Benchmark Access je podporiť výskumníkov a vývojárov HPC aplikácií poskytnutím možnosti otestovať svoje aplikácie na EuroHPC Pre-exascale a Petascale systémoch ešte pred podaním žiadosti o Extreme Scale či Regular Access.