Spolupráca NCC a CoE: BioExcel workshop on GROMACS and HADDOCK
V dňoch 18. a 19. októbra 2023 sa v Bratislave konal workshop zameraný na prácu so softvérovými nástrojmi GROMACS a HADDOCK. Workshop bol výsledkom spolupráce kompetenčných centier na Slovensku, v Rakúsku, Českej republike a Maďarsku s centrom excelentnosti BioExcel. Tím BioExcel CoE vyvíja obe aplikácie a tak mohli skúsení lektori nielen ukázať bežné simulácie a modelovanie, ale aj odpovedať na špecifické otázky účastníkov.
Workshop sa konal v hybridnom formáte. Keďže hostiteľskou organizáciou bolo NCC Slovensko (s podporou rakúskeho NCC), pre hands-on cvičenia sa využíval nový slovenský superpočítač Devana. Okrem teoretickej prednášky si počas prvého dňa účastníci vyskúšali simuláciu molekulovej dynamiky pre jednoduchý membránový proteín pomocou GROMACS vrátane nastavenia vstupných súborov, ako aj samotnej simulácie pre minimalizáciu energie a produkciu dát. Cvičenie bolo realizované pomocou interaktívneho Jupyter notebooku. Zaujímavou súčasťou boli výpočty s využitím a porovnaním výkonu aplikácie na CPU a GPU výpočtových serveroch.
Druhý deň workshopu bol venovaný nástroju HADDOCK, ktorý sa používa na integratívne modelovanie rôznych typov biomolekulových systémov a ich interakcií. V súčasnosti je dostupná verzia HADDOCK3, ktorá ponúka okrem „data-driven docking“ aj modulárne nastavenie pracovného toku. Používateľ si môže pre svoj špecifický prípad vybrať vlastnú kombináciu nezávislých modulov.
Linky k materiálom nájdete na stránke workshopu TU. Ďakujeme všetkým partnerom a veríme, že prednášky a cvičenia boli pre účastníkov prínosné a že podobné podujatia vďaka spolupráci s komunitou EuroCC a centier excelentnosti ponúkneme aj v budúcnosti.
Digitálne dvojčatá spoločnosti: Simulácie poháňané výpočtami na HPC 25 jún - Pridajte sa k nášmu inšpiratívnemu webináru a zistite, ako umelá inteligencia a multiagentové simulačné technológie pomáhajú výskumníkom pochopiť a predikovať komplexné spoločenské javy. Na podujatí vystúpia poprední odborníci na kultúrnu kybernetiku, kognitívne modelovanie a simulácie digitálnych dvojčiat v národnom meradle.
Posilňovanie väzieb v rámci EuroCC: Návšteva NCC Slovakia vo FCCN v Lisabone 24 jún - Dňa 24. júna sa zástupkyňa NCC Slovakia, Božidara Pellegrini, stretla s kolegyňami z NCC Portugal v sídle FCCN – Národnej jednotky pre vedecké výpočty pri FCT – Fundação para a Ciência e a Tecnologia, v Lisabone. 
Záznam z podujatia: Slovenčina v ére veľkých jazykových modelov (s podporou superpočítača Leonardo) 23 jún - Dňa 11. júna 2025 sa uskutočnil spoločný webinár o modelovaní jazyka, ktorý zorganizovali Národné kompetenčné centrá pre HPC na Slovensku a v Taliansku. Diskusia sa sústredila na výzvy a riešenia spojené s používaním veľkých jazykových modelov (LLM) pre menej rozšírené jazyky, akým je aj slovenčina.