Spolupráca NCC a CoE: BioExcel workshop on GROMACS and HADDOCK
V dňoch 18. a 19. októbra 2023 sa v Bratislave konal workshop zameraný na prácu so softvérovými nástrojmi GROMACS a HADDOCK. Workshop bol výsledkom spolupráce kompetenčných centier na Slovensku, v Rakúsku, Českej republike a Maďarsku s centrom excelentnosti BioExcel. Tím BioExcel CoE vyvíja obe aplikácie a tak mohli skúsení lektori nielen ukázať bežné simulácie a modelovanie, ale aj odpovedať na špecifické otázky účastníkov.
Workshop sa konal v hybridnom formáte. Keďže hostiteľskou organizáciou bolo NCC Slovensko (s podporou rakúskeho NCC), pre hands-on cvičenia sa využíval nový slovenský superpočítač Devana. Okrem teoretickej prednášky si počas prvého dňa účastníci vyskúšali simuláciu molekulovej dynamiky pre jednoduchý membránový proteín pomocou GROMACS vrátane nastavenia vstupných súborov, ako aj samotnej simulácie pre minimalizáciu energie a produkciu dát. Cvičenie bolo realizované pomocou interaktívneho Jupyter notebooku. Zaujímavou súčasťou boli výpočty s využitím a porovnaním výkonu aplikácie na CPU a GPU výpočtových serveroch.
Druhý deň workshopu bol venovaný nástroju HADDOCK, ktorý sa používa na integratívne modelovanie rôznych typov biomolekulových systémov a ich interakcií. V súčasnosti je dostupná verzia HADDOCK3, ktorá ponúka okrem „data-driven docking“ aj modulárne nastavenie pracovného toku. Používateľ si môže pre svoj špecifický prípad vybrať vlastnú kombináciu nezávislých modulov.
Linky k materiálom nájdete na stránke workshopu TU. Ďakujeme všetkým partnerom a veríme, že prednášky a cvičenia boli pre účastníkov prínosné a že podobné podujatia vďaka spolupráci s komunitou EuroCC a centier excelentnosti ponúkneme aj v budúcnosti.
Superpočítače pre biznis – článok v mesačníku SOPK 17 apr - V najnovšom čísle mesačníka Slovenskej obchodnej a priemyselnej komory (SOPK) sme predstavili, ako technológie High Performance Computing (HPC) a služby Národného superpočítačového centra pomáhajú slovenským firmám inovovať, urýchliť vývoj a získať konkurenčnú výhodu. Superpočítače už dávno nie sú výlučne nástrojom akademickej sféry – dnes zohrávajú kľúčovú úlohu aj v priemysle, zdravotníctve, energetike či automobilovom sektore. V článku približujeme konkrétne príklady z praxe a ukazujeme, ako sa výpočtový výkon superpočítača využíva pri riešení reálnych výziev firiem.
Spolupráca so SARIO – podpísali sme memorandum o spolupráci 16 apr - Dňa 16. apríla sme podpísali memorandum o spolupráci so Slovenskou agentúrou pre rozvoj investícií a obchodu (SARIO). Tento krok predstavuje dôležitý míľnik v našom úsilí posilniť prepojenie medzi technologickou infraštruktúrou v oblasti vysokovýkonného počítania (HPC) a potrebami podnikateľského prostredia na Slovensku.
Webinár: Digitálna forenzika v ére veľkých dát 14 apr - Národné kompetenčné centrá pre vysokovýkonné počítanie (HPC) na Slovensku, v Rakúsku a v Českej republike vás pozývajú na odbornú prednášku o tom, ako vysokovýkonné počítanie (HPC) môžu podporiť digitálnu forenziku v moderných rozsiahlych prostrediach. Webinár organizuje Národné kompetenčné centrum pre HPC na Slovensku.