Spolupráca NCC a CoE: BioExcel workshop on GROMACS and HADDOCK
V dňoch 18. a 19. októbra 2023 sa v Bratislave konal workshop zameraný na prácu so softvérovými nástrojmi GROMACS a HADDOCK. Workshop bol výsledkom spolupráce kompetenčných centier na Slovensku, v Rakúsku, Českej republike a Maďarsku s centrom excelentnosti BioExcel. Tím BioExcel CoE vyvíja obe aplikácie a tak mohli skúsení lektori nielen ukázať bežné simulácie a modelovanie, ale aj odpovedať na špecifické otázky účastníkov.
Workshop sa konal v hybridnom formáte. Keďže hostiteľskou organizáciou bolo NCC Slovensko (s podporou rakúskeho NCC), pre hands-on cvičenia sa využíval nový slovenský superpočítač Devana. Okrem teoretickej prednášky si počas prvého dňa účastníci vyskúšali simuláciu molekulovej dynamiky pre jednoduchý membránový proteín pomocou GROMACS vrátane nastavenia vstupných súborov, ako aj samotnej simulácie pre minimalizáciu energie a produkciu dát. Cvičenie bolo realizované pomocou interaktívneho Jupyter notebooku. Zaujímavou súčasťou boli výpočty s využitím a porovnaním výkonu aplikácie na CPU a GPU výpočtových serveroch.
Druhý deň workshopu bol venovaný nástroju HADDOCK, ktorý sa používa na integratívne modelovanie rôznych typov biomolekulových systémov a ich interakcií. V súčasnosti je dostupná verzia HADDOCK3, ktorá ponúka okrem „data-driven docking“ aj modulárne nastavenie pracovného toku. Používateľ si môže pre svoj špecifický prípad vybrať vlastnú kombináciu nezávislých modulov.
Linky k materiálom nájdete na stránke workshopu TU. Ďakujeme všetkým partnerom a veríme, že prednášky a cvičenia boli pre účastníkov prínosné a že podobné podujatia vďaka spolupráci s komunitou EuroCC a centier excelentnosti ponúkneme aj v budúcnosti.
Mapovanie polohy a výšky stromov v PointCloud dátach získaných pomocou LiDAR technológie 25 júl - Cieľom spolupráce medzi Národným superpočítačovým centrom (NSCC) a firmou SKYMOVE, v rámci projektu Národného kompetenčného centra pre HPC, bol návrh a implementácia pilotného softvérového riešenia pre spracovanie dát získaných technológiou LiDAR (Light Detection and Ranging) umiestnených na dronoch.
Workshop: POP3 Profiling and Optimisation Tools 16 júl - Pozývame vás na zaujímavé podujatie POP3 Profiling and Optimisation Tools 46th VI-HPS Tuning Workshop. Podujatie je organizované POP3 CoE v spolupráci s Národnými kompetenčnými centrami pre HPC zo Slovenska, Česka, Poľska a Rakúska Maďarska a Slovinska.
Call for Ideas: Hľadáme slovenských MSP partnerov pre projektové konzorcium FFPlus 4 júl - NCC Slovakia hľadá slovenských MSP partnerov na vytvorenie konzorcia pre návrh prestížneho projektu FFPlus. Cieľom je využiť vysokovýkonné počítanie pri riešení špecifických obchodných výziev zahŕňajúcich napr. modelovanie a simulácie, analýzu údajov, AI atď.