Spolupráca NCC a CoE: BioExcel workshop on GROMACS and HADDOCK
V dňoch 18. a 19. októbra 2023 sa v Bratislave konal workshop zameraný na prácu so softvérovými nástrojmi GROMACS a HADDOCK. Workshop bol výsledkom spolupráce kompetenčných centier na Slovensku, v Rakúsku, Českej republike a Maďarsku s centrom excelentnosti BioExcel. Tím BioExcel CoE vyvíja obe aplikácie a tak mohli skúsení lektori nielen ukázať bežné simulácie a modelovanie, ale aj odpovedať na špecifické otázky účastníkov.
Workshop sa konal v hybridnom formáte. Keďže hostiteľskou organizáciou bolo NCC Slovensko (s podporou rakúskeho NCC), pre hands-on cvičenia sa využíval nový slovenský superpočítač Devana. Okrem teoretickej prednášky si počas prvého dňa účastníci vyskúšali simuláciu molekulovej dynamiky pre jednoduchý membránový proteín pomocou GROMACS vrátane nastavenia vstupných súborov, ako aj samotnej simulácie pre minimalizáciu energie a produkciu dát. Cvičenie bolo realizované pomocou interaktívneho Jupyter notebooku. Zaujímavou súčasťou boli výpočty s využitím a porovnaním výkonu aplikácie na CPU a GPU výpočtových serveroch.
Druhý deň workshopu bol venovaný nástroju HADDOCK, ktorý sa používa na integratívne modelovanie rôznych typov biomolekulových systémov a ich interakcií. V súčasnosti je dostupná verzia HADDOCK3, ktorá ponúka okrem „data-driven docking“ aj modulárne nastavenie pracovného toku. Používateľ si môže pre svoj špecifický prípad vybrať vlastnú kombináciu nezávislých modulov.
Linky k materiálom nájdete na stránke workshopu TU. Ďakujeme všetkým partnerom a veríme, že prednášky a cvičenia boli pre účastníkov prínosné a že podobné podujatia vďaka spolupráci s komunitou EuroCC a centier excelentnosti ponúkneme aj v budúcnosti.
EuroCC Supercomputing Accelerator webinar: Explainable AI 30 nov - Slovenské kompetenčné centrum pre vysokovýkonné počítanie sa pripojilo k EuroCC Supercomputing Accelerator. Supercomputing accelerator je one-stop shop pre adopciu superpočítačov v podnikaní. Pozývame vás na webinár na tému: Vysvetliteľná #AI
Až 43% kybernetických útokov je zameraných na malé a stredné podniky 23 okt - V minulom roku až 40 % malých podnikov oznámilo stratu údajov v dôsledku kybernetického útoku, čo spôsobilo ich značné narušenie fungovania, finančné straty, poškodenie dobrého mena a odliv zákazníkov z dôvodu obáv o bezpečnosť a ochranu ich osobných dát. 
Devana: Výzva na podávanie projektov pre štandardný prístup k HPC 1/23 5 okt - Výpočtové stredisko SAV a Národné superpočítačové centrum otvárujú prvú Výzvu na podávanie projektov pre štandardný prístup k HPC. Projekty je možné podávať kontinuálne, pričom počas roka sú štandardne 3 termíny uzávierky, po ktorej sa uskutoční hodnotenie dovtedy podaných žiadostí. O prístup je možné požiadať výhradne prostredníctvom používateľského portálu register.nscc.sk.