Spolupráca NCC a CoE: BioExcel workshop on GROMACS and HADDOCK
V dňoch 18. a 19. októbra 2023 sa v Bratislave konal workshop zameraný na prácu so softvérovými nástrojmi GROMACS a HADDOCK. Workshop bol výsledkom spolupráce kompetenčných centier na Slovensku, v Rakúsku, Českej republike a Maďarsku s centrom excelentnosti BioExcel. Tím BioExcel CoE vyvíja obe aplikácie a tak mohli skúsení lektori nielen ukázať bežné simulácie a modelovanie, ale aj odpovedať na špecifické otázky účastníkov.
Workshop sa konal v hybridnom formáte. Keďže hostiteľskou organizáciou bolo NCC Slovensko (s podporou rakúskeho NCC), pre hands-on cvičenia sa využíval nový slovenský superpočítač Devana. Okrem teoretickej prednášky si počas prvého dňa účastníci vyskúšali simuláciu molekulovej dynamiky pre jednoduchý membránový proteín pomocou GROMACS vrátane nastavenia vstupných súborov, ako aj samotnej simulácie pre minimalizáciu energie a produkciu dát. Cvičenie bolo realizované pomocou interaktívneho Jupyter notebooku. Zaujímavou súčasťou boli výpočty s využitím a porovnaním výkonu aplikácie na CPU a GPU výpočtových serveroch.
Druhý deň workshopu bol venovaný nástroju HADDOCK, ktorý sa používa na integratívne modelovanie rôznych typov biomolekulových systémov a ich interakcií. V súčasnosti je dostupná verzia HADDOCK3, ktorá ponúka okrem „data-driven docking“ aj modulárne nastavenie pracovného toku. Používateľ si môže pre svoj špecifický prípad vybrať vlastnú kombináciu nezávislých modulov.
Linky k materiálom nájdete na stránke workshopu TU. Ďakujeme všetkým partnerom a veríme, že prednášky a cvičenia boli pre účastníkov prínosné a že podobné podujatia vďaka spolupráci s komunitou EuroCC a centier excelentnosti ponúkneme aj v budúcnosti.
Chceš študovať superpočítače? 7 máj - Zvažuješ magisterské štúdium a láka ťa svet vysokovýkonných výpočtov, umelej inteligencie a dátovej vedy? 
Strategický rozvoj a internacionalizácia 30 apr - Národné superpočítačové centrum (NSCC) navštívil Jari Hämäläinen, uznávaný fínsky expert a poradca rektora Slovenskej technickej univerzity v Bratislave (STU) pre strategický rozvoj a internacionalizáciu. Stretnutie s projektovou koordinátorkou NSCC, Luciou Malíčkovou, otvorilo dvere novej úrovni spolupráce medzi akademickou sférou a špičkovou výpočtovou infraštruktúrou.
Umelá inteligencia a superpočítač ako nová zbraň proti ekologickým haváriám 26 mar - Slovenskí vedci z Nitry učia stroje predvídať poruchy v priemysle skôr, než stihnú napáchať škody. Vďaka spolupráci s európskym superpočítačom LUMI vyvinuli digitálneho „strážcu“, ktorý dokáže s vysokou presnosťou odhaliť úniky v potrubiach alebo chyby vo výrobe, čím chráni našu prírodu aj peňaženky podnikov.