Spolupráca NCC a CoE: BioExcel workshop on GROMACS and HADDOCK
V dňoch 18. a 19. októbra 2023 sa v Bratislave konal workshop zameraný na prácu so softvérovými nástrojmi GROMACS a HADDOCK. Workshop bol výsledkom spolupráce kompetenčných centier na Slovensku, v Rakúsku, Českej republike a Maďarsku s centrom excelentnosti BioExcel. Tím BioExcel CoE vyvíja obe aplikácie a tak mohli skúsení lektori nielen ukázať bežné simulácie a modelovanie, ale aj odpovedať na špecifické otázky účastníkov.
Workshop sa konal v hybridnom formáte. Keďže hostiteľskou organizáciou bolo NCC Slovensko (s podporou rakúskeho NCC), pre hands-on cvičenia sa využíval nový slovenský superpočítač Devana. Okrem teoretickej prednášky si počas prvého dňa účastníci vyskúšali simuláciu molekulovej dynamiky pre jednoduchý membránový proteín pomocou GROMACS vrátane nastavenia vstupných súborov, ako aj samotnej simulácie pre minimalizáciu energie a produkciu dát. Cvičenie bolo realizované pomocou interaktívneho Jupyter notebooku. Zaujímavou súčasťou boli výpočty s využitím a porovnaním výkonu aplikácie na CPU a GPU výpočtových serveroch.
Druhý deň workshopu bol venovaný nástroju HADDOCK, ktorý sa používa na integratívne modelovanie rôznych typov biomolekulových systémov a ich interakcií. V súčasnosti je dostupná verzia HADDOCK3, ktorá ponúka okrem „data-driven docking“ aj modulárne nastavenie pracovného toku. Používateľ si môže pre svoj špecifický prípad vybrať vlastnú kombináciu nezávislých modulov.
Linky k materiálom nájdete na stránke workshopu TU. Ďakujeme všetkým partnerom a veríme, že prednášky a cvičenia boli pre účastníkov prínosné a že podobné podujatia vďaka spolupráci s komunitou EuroCC a centier excelentnosti ponúkneme aj v budúcnosti.
REGISTRÁCIA OTVORENÁ: Nová séria populárno-náučných prednášok o zaujímavých HPC aplikáciách 6 okt - Otvorili sme registráciu na sériu prednášok v zimnom semestri 2024, kde sa budeme venovať fascinujúcim témam, v ktorých vysokovýkonné počítanie zohráva kľúčovú úlohu. Tento semester sa zameriame na oblasti ako meteorológia, klimatológia, chémia, veľké jazykové modely a mnoho ďalších.
Privítajte Mistral-sk-7b! 3 okt - Slovenská AI komunita sa po dlhom čase dočkala nového, tentoraz naozaj veľkého jazykového modelu pre slovenský jazyk.
NCC pre HPC na INOFESTe 2024: Festival inovácií v Žiline 24 sep - V dňoch 17. a 18. septembra 2024 sa v Žiline uskutočnil už piaty ročník festivalu inovácií INOFEST 2024, ktorý zorganizovalo združenie INOVATO. Podujatie sa stalo jedinečnou platformou pre stretnutie odborníkov, podnikateľov, akademikov, inovátorov, študentov, zástupcov štátnej správy a verejnosti, čím posilnilo spoluprácu v oblasti regionálnych inovačných ekosystémov na Slovensku.