Spolupráca NCC a CoE: BioExcel workshop on GROMACS and HADDOCK
V dňoch 18. a 19. októbra 2023 sa v Bratislave konal workshop zameraný na prácu so softvérovými nástrojmi GROMACS a HADDOCK. Workshop bol výsledkom spolupráce kompetenčných centier na Slovensku, v Rakúsku, Českej republike a Maďarsku s centrom excelentnosti BioExcel. Tím BioExcel CoE vyvíja obe aplikácie a tak mohli skúsení lektori nielen ukázať bežné simulácie a modelovanie, ale aj odpovedať na špecifické otázky účastníkov.
Workshop sa konal v hybridnom formáte. Keďže hostiteľskou organizáciou bolo NCC Slovensko (s podporou rakúskeho NCC), pre hands-on cvičenia sa využíval nový slovenský superpočítač Devana. Okrem teoretickej prednášky si počas prvého dňa účastníci vyskúšali simuláciu molekulovej dynamiky pre jednoduchý membránový proteín pomocou GROMACS vrátane nastavenia vstupných súborov, ako aj samotnej simulácie pre minimalizáciu energie a produkciu dát. Cvičenie bolo realizované pomocou interaktívneho Jupyter notebooku. Zaujímavou súčasťou boli výpočty s využitím a porovnaním výkonu aplikácie na CPU a GPU výpočtových serveroch.
Druhý deň workshopu bol venovaný nástroju HADDOCK, ktorý sa používa na integratívne modelovanie rôznych typov biomolekulových systémov a ich interakcií. V súčasnosti je dostupná verzia HADDOCK3, ktorá ponúka okrem „data-driven docking“ aj modulárne nastavenie pracovného toku. Používateľ si môže pre svoj špecifický prípad vybrať vlastnú kombináciu nezávislých modulov.
Linky k materiálom nájdete na stránke workshopu TU. Ďakujeme všetkým partnerom a veríme, že prednášky a cvičenia boli pre účastníkov prínosné a že podobné podujatia vďaka spolupráci s komunitou EuroCC a centier excelentnosti ponúkneme aj v budúcnosti.
Success story: AI pomáha zachraňovať ženské životy 17 dec - Strach z rakoviny prsníka je tichým spoločníkom mnohých žien. Stačí jedno pozvanie na preventívne vyšetrenie, jeden telefonát od lekára či jedno čakanie na výsledky – a myseľ je plná otázok: „Som v poriadku?“ „Čo ak nie?“ „Môže sa niečo prehliadnuť?“
Aj keď skríning potvrdí negatívny nález, obavy často pretrvávajú.
VICE a digitálne dvojča na Predvianočnom vodíkovom Infoday 11 dec - Dňa 10. decembra 2025 sme sa zúčastnili podujatia Predvianočný vodíkový Infoday v Bratislave. Súčasťou programu bola prezentácia VICE – Vertical Integrated Cyclic Energy, Hydrogen, vedená Laurie Farmerom a Luciou Malíčkovou. 
Posilňovanie slovensko-rumunskej spolupráce a rozvoj vedeckého partnerstva 8 dec - Národný deň Rumunska je významným historickým míľnikom, ktorý pripomína Veľkú úniu z roku 1918, keď sa Sedmohradsko, Besarábia a Bukovina spojili s Rumunským kráľovstvom. Tento moment položil základy moderného rumunského štátu a dodnes predstavuje silný symbol národnej identity a jednoty.