Spolupráca NCC a CoE: BioExcel workshop on GROMACS and HADDOCK
V dňoch 18. a 19. októbra 2023 sa v Bratislave konal workshop zameraný na prácu so softvérovými nástrojmi GROMACS a HADDOCK. Workshop bol výsledkom spolupráce kompetenčných centier na Slovensku, v Rakúsku, Českej republike a Maďarsku s centrom excelentnosti BioExcel. Tím BioExcel CoE vyvíja obe aplikácie a tak mohli skúsení lektori nielen ukázať bežné simulácie a modelovanie, ale aj odpovedať na špecifické otázky účastníkov.
Workshop sa konal v hybridnom formáte. Keďže hostiteľskou organizáciou bolo NCC Slovensko (s podporou rakúskeho NCC), pre hands-on cvičenia sa využíval nový slovenský superpočítač Devana. Okrem teoretickej prednášky si počas prvého dňa účastníci vyskúšali simuláciu molekulovej dynamiky pre jednoduchý membránový proteín pomocou GROMACS vrátane nastavenia vstupných súborov, ako aj samotnej simulácie pre minimalizáciu energie a produkciu dát. Cvičenie bolo realizované pomocou interaktívneho Jupyter notebooku. Zaujímavou súčasťou boli výpočty s využitím a porovnaním výkonu aplikácie na CPU a GPU výpočtových serveroch.
Druhý deň workshopu bol venovaný nástroju HADDOCK, ktorý sa používa na integratívne modelovanie rôznych typov biomolekulových systémov a ich interakcií. V súčasnosti je dostupná verzia HADDOCK3, ktorá ponúka okrem „data-driven docking“ aj modulárne nastavenie pracovného toku. Používateľ si môže pre svoj špecifický prípad vybrať vlastnú kombináciu nezávislých modulov.
Linky k materiálom nájdete na stránke workshopu TU. Ďakujeme všetkým partnerom a veríme, že prednášky a cvičenia boli pre účastníkov prínosné a že podobné podujatia vďaka spolupráci s komunitou EuroCC a centier excelentnosti ponúkneme aj v budúcnosti.
Archeológia poháňaná umelou inteligenciou s LLM — Detekcia archeologických lokalít z leteckých snímok 30 okt - Objavte, ako umelá inteligencia a veľké jazykové modely menia spôsob, akým odhaľujeme stopy minulosti. Webinár priblíži, ako pokročilé techniky umelej inteligencie inšpirované LLM dokážu analyzovať letecké a LiDARové snímky a detegovať archeologické lokality s bezprecedentnou presnosťou. Dr. Daniel Canedo z Univerzity v Aveire predstaví praktické príklady, v ktorých Vision Transformers a multimodálne učenie odhaľujú skryté vzory v krajine a spájajú moderné technológie s kultúrnym dedičstvom.
Superpočítač pre každého: odvážte sa objaviť svet moderných výpočtov 28 okt - Kedysi boli superpočítače tajomnou technológiou, ku ktorej mali prístup iba špičkoví vedci vo futuristických laboratóriách. Dnes však začína platiť úplne nový príbeh. Superpočítač môžu využívať aj obyčajní ľudia z univerzít, menších firiem či dokonca zo štátnej správy — všetci, ktorí potrebujú zvládnuť výpočty, na aké bežný počítač jednoducho nestačí.
Webinár amália: Smerom k multimodálnemu LLM pre európsku portugalčinu 27 okt - Pridajte sa k nášmu inšpiratívnemu webináru o vývoji amália, portugalského veľkého jazykového modelu, ktorý prináša bohatstvo európskej portugalčiny do novej éry multimodálnej umelej inteligencie.
Na podujatí vystúpi prof. João Magalhães z NOVA LINCS, Universidade NOVA de Lisboa, ktorý predstaví ciele, architektúru a pokrok tohto národného AI projektu. Prednáška sa zameria na to, ako amália kombinuje spracovanie textu, reči, obrazu a videa a ako prispieva k vytváraniu kultúrne ukotvených a dôveryhodných systémov umelej inteligencie pre verejný sektor, akademickú sféru a priemysel.