Spolupráca NCC a CoE: BioExcel workshop on GROMACS and HADDOCK
V dňoch 18. a 19. októbra 2023 sa v Bratislave konal workshop zameraný na prácu so softvérovými nástrojmi GROMACS a HADDOCK. Workshop bol výsledkom spolupráce kompetenčných centier na Slovensku, v Rakúsku, Českej republike a Maďarsku s centrom excelentnosti BioExcel. Tím BioExcel CoE vyvíja obe aplikácie a tak mohli skúsení lektori nielen ukázať bežné simulácie a modelovanie, ale aj odpovedať na špecifické otázky účastníkov.
Workshop sa konal v hybridnom formáte. Keďže hostiteľskou organizáciou bolo NCC Slovensko (s podporou rakúskeho NCC), pre hands-on cvičenia sa využíval nový slovenský superpočítač Devana. Okrem teoretickej prednášky si počas prvého dňa účastníci vyskúšali simuláciu molekulovej dynamiky pre jednoduchý membránový proteín pomocou GROMACS vrátane nastavenia vstupných súborov, ako aj samotnej simulácie pre minimalizáciu energie a produkciu dát. Cvičenie bolo realizované pomocou interaktívneho Jupyter notebooku. Zaujímavou súčasťou boli výpočty s využitím a porovnaním výkonu aplikácie na CPU a GPU výpočtových serveroch.
Druhý deň workshopu bol venovaný nástroju HADDOCK, ktorý sa používa na integratívne modelovanie rôznych typov biomolekulových systémov a ich interakcií. V súčasnosti je dostupná verzia HADDOCK3, ktorá ponúka okrem „data-driven docking“ aj modulárne nastavenie pracovného toku. Používateľ si môže pre svoj špecifický prípad vybrať vlastnú kombináciu nezávislých modulov.
Linky k materiálom nájdete na stránke workshopu TU. Ďakujeme všetkým partnerom a veríme, že prednášky a cvičenia boli pre účastníkov prínosné a že podobné podujatia vďaka spolupráci s komunitou EuroCC a centier excelentnosti ponúkneme aj v budúcnosti.
Pozrite si záznam z webinára MATLAB v kocke 9 okt - Ak ste nestihli septembrový webinár MATLAB v kocke, prinášame vám jeho kompletný záznam. Podujatie predstavilo prostredie MATLAB – výkonný inžiniersky nástroj a interaktívne prostredie určené na vedecké a technické výpočty, analýzu a spracovanie dát, vizualizáciu a tvorbu algoritmov.
All Hands Meeting v Estónsku 30 sep - V dňoch 23. – 25. septembra 2025 sa zástupkyne Národného kompetenčného centra pre HPC Halyna Hyryavets a Lucia Malíčková zúčastnili záverečnej konferencie projektov CASTIEL2, EuroCC2, EuroCC4SEE a Centier excelentnosti (CoEs), ktorá sa konala v Tallinne v Estónsku.
MATLAB WORKSHOP: Škálovanie algoritmov a simulácií pomocou paralelných výpočtov 25 sep - Výpočtovo náročné úlohy, spracovanie veľkých objemov dát či opakované spúšťanie simulácií sú každodennou výzvou vo vede aj priemysle. Moderné prístupy umožňujú tieto procesy výrazne urýchliť využitím paralelných výpočtov a dostupného hardvéru – od viacerých CPU jadier až po GPU akceleráciu. MATLAB a Simulink ponúkajú širokú škálu možností, ako tieto zdroje efektívne využiť, a to bez potreby špecializovaných znalostí programovania GPU alebo komplexných HPC riešení.