Spolupráca NCC a CoE: BioExcel workshop on GROMACS and HADDOCK
V dňoch 18. a 19. októbra 2023 sa v Bratislave konal workshop zameraný na prácu so softvérovými nástrojmi GROMACS a HADDOCK. Workshop bol výsledkom spolupráce kompetenčných centier na Slovensku, v Rakúsku, Českej republike a Maďarsku s centrom excelentnosti BioExcel. Tím BioExcel CoE vyvíja obe aplikácie a tak mohli skúsení lektori nielen ukázať bežné simulácie a modelovanie, ale aj odpovedať na špecifické otázky účastníkov.
Workshop sa konal v hybridnom formáte. Keďže hostiteľskou organizáciou bolo NCC Slovensko (s podporou rakúskeho NCC), pre hands-on cvičenia sa využíval nový slovenský superpočítač Devana. Okrem teoretickej prednášky si počas prvého dňa účastníci vyskúšali simuláciu molekulovej dynamiky pre jednoduchý membránový proteín pomocou GROMACS vrátane nastavenia vstupných súborov, ako aj samotnej simulácie pre minimalizáciu energie a produkciu dát. Cvičenie bolo realizované pomocou interaktívneho Jupyter notebooku. Zaujímavou súčasťou boli výpočty s využitím a porovnaním výkonu aplikácie na CPU a GPU výpočtových serveroch.
Druhý deň workshopu bol venovaný nástroju HADDOCK, ktorý sa používa na integratívne modelovanie rôznych typov biomolekulových systémov a ich interakcií. V súčasnosti je dostupná verzia HADDOCK3, ktorá ponúka okrem „data-driven docking“ aj modulárne nastavenie pracovného toku. Používateľ si môže pre svoj špecifický prípad vybrať vlastnú kombináciu nezávislých modulov.
Linky k materiálom nájdete na stránke workshopu TU. Ďakujeme všetkým partnerom a veríme, že prednášky a cvičenia boli pre účastníkov prínosné a že podobné podujatia vďaka spolupráci s komunitou EuroCC a centier excelentnosti ponúkneme aj v budúcnosti.
Nová éra spolupráce v slovenskom HPC: Začíname budovať HPC ekosysém spolu s Eviden 13 jún - V slovenskom HPC ekosystéme sa začína nové, mimoriadne zaujímavé obdobie. Ako ste už určite zachytili, Slovenská akadémia vied realizuje projekt s názvom „Budovanie superpočítača pre Národné superpočítačové centrum“, ktorý prinesie novú výpočtovú infraštruktúru pre potreby vedy, výskumu, inovácií aj verejných služieb. Ako Národné superpočítačové centrum sme radi, že môžeme byť pri tom – a stáť pri zrode spolupráce, ktorá má potenciál významne ovplyvniť ďalší rozvoj tejto oblasti na Slovensku. Hovoríme o začiatku partnerstva medzi Národným superpočítačovým centrom a spoločnosťou Atos Eviden, ktorá tento stroj dodáva.
NSCC a NCC pre HPC na veľtrhu Portugal Smart Cities Summit 2025 12 jún - Ako budú vyzerať mestá budúcnosti? Aké technológie ich premenia na inteligentné, udržateľné a inkluzívne prostredia pre život a prácu? Aj o tom sa hovorilo na Portugal Smart Cities Summit, jednom z najväčších veľtrhov zameraných na smart technológie, ktorý sa konal od 3. do 5. júna 2025 v Lisabone. 
HPC ako most medzi slovenským a francúzskym výskumom a inováciami 9 jún - HPC ako most medzi slovenským a francúzskym výskumom a inováciami Dnešné stretnutie na pôde Francúzskeho veľvyslanectva na Slovensku a Francúzskeho inštitútu v Bratislave sa nieslo v duchu posilňovania bilaterálnych vzťahov v oblasti výskumu, inovácií a technologického rozvoja. Vďaka otvorenému a konštruktívnemu dialógu medzi partnermi sa podarilo položiť základy konkrétnej spolupráce v oblasti vysokovýkonnej výpočtovej infraštruktúry […]