Spolupráca NCC a CoE: BioExcel workshop on GROMACS and HADDOCK
V dňoch 18. a 19. októbra 2023 sa v Bratislave konal workshop zameraný na prácu so softvérovými nástrojmi GROMACS a HADDOCK. Workshop bol výsledkom spolupráce kompetenčných centier na Slovensku, v Rakúsku, Českej republike a Maďarsku s centrom excelentnosti BioExcel. Tím BioExcel CoE vyvíja obe aplikácie a tak mohli skúsení lektori nielen ukázať bežné simulácie a modelovanie, ale aj odpovedať na špecifické otázky účastníkov.
Workshop sa konal v hybridnom formáte. Keďže hostiteľskou organizáciou bolo NCC Slovensko (s podporou rakúskeho NCC), pre hands-on cvičenia sa využíval nový slovenský superpočítač Devana. Okrem teoretickej prednášky si počas prvého dňa účastníci vyskúšali simuláciu molekulovej dynamiky pre jednoduchý membránový proteín pomocou GROMACS vrátane nastavenia vstupných súborov, ako aj samotnej simulácie pre minimalizáciu energie a produkciu dát. Cvičenie bolo realizované pomocou interaktívneho Jupyter notebooku. Zaujímavou súčasťou boli výpočty s využitím a porovnaním výkonu aplikácie na CPU a GPU výpočtových serveroch.
Druhý deň workshopu bol venovaný nástroju HADDOCK, ktorý sa používa na integratívne modelovanie rôznych typov biomolekulových systémov a ich interakcií. V súčasnosti je dostupná verzia HADDOCK3, ktorá ponúka okrem „data-driven docking“ aj modulárne nastavenie pracovného toku. Používateľ si môže pre svoj špecifický prípad vybrať vlastnú kombináciu nezávislých modulov.
Linky k materiálom nájdete na stránke workshopu TU. Ďakujeme všetkým partnerom a veríme, že prednášky a cvičenia boli pre účastníkov prínosné a že podobné podujatia vďaka spolupráci s komunitou EuroCC a centier excelentnosti ponúkneme aj v budúcnosti.
Online prednáška: HPC & AI – Súperenie alebo spolupráca? 7 nov - Dňa 26. novembra 2025 o 10:00 organizujeme špeciálnu online prednášku venovanú aktuálnej a rýchlo sa vyvíjajúcej téme prepojenia vysokovýkonných výpočtov (HPC) a umelej inteligencie (AI). Naším hosťom bude Erwin Laure, jedna z najvýraznejších osobností európskeho HPC ekosystému.
Success story: Budúcnosť pôdy ukrytá v dátach 5 nov - Vysokovýkonné počítanie (HPC) prináša vedcom možnosť spracovať obrovské objemy dát a objaviť súvislosti, ktoré by inak ostali skryté. Dnes už nie je len nástrojom pre technické odbory – svoj význam nachádza aj v spoločenských a environmentálnych výskumoch. Príkladom je projekt, ktorý využil silu HPC na hlbšie pochopenie vzťahu medzi človekom, pôdou a krajinou.
Archeológia poháňaná umelou inteligenciou s LLM — Detekcia archeologických lokalít z leteckých snímok 30 okt - Objavte, ako umelá inteligencia a veľké jazykové modely menia spôsob, akým odhaľujeme stopy minulosti. Webinár priblíži, ako pokročilé techniky umelej inteligencie inšpirované LLM dokážu analyzovať letecké a LiDARové snímky a detegovať archeologické lokality s bezprecedentnou presnosťou. Dr. Daniel Canedo z Univerzity v Aveire predstaví praktické príklady, v ktorých Vision Transformers a multimodálne učenie odhaľujú skryté vzory v krajine a spájajú moderné technológie s kultúrnym dedičstvom.