Spolupráca NCC a CoE: BioExcel workshop on GROMACS and HADDOCK
V dňoch 18. a 19. októbra 2023 sa v Bratislave konal workshop zameraný na prácu so softvérovými nástrojmi GROMACS a HADDOCK. Workshop bol výsledkom spolupráce kompetenčných centier na Slovensku, v Rakúsku, Českej republike a Maďarsku s centrom excelentnosti BioExcel. Tím BioExcel CoE vyvíja obe aplikácie a tak mohli skúsení lektori nielen ukázať bežné simulácie a modelovanie, ale aj odpovedať na špecifické otázky účastníkov.
Workshop sa konal v hybridnom formáte. Keďže hostiteľskou organizáciou bolo NCC Slovensko (s podporou rakúskeho NCC), pre hands-on cvičenia sa využíval nový slovenský superpočítač Devana. Okrem teoretickej prednášky si počas prvého dňa účastníci vyskúšali simuláciu molekulovej dynamiky pre jednoduchý membránový proteín pomocou GROMACS vrátane nastavenia vstupných súborov, ako aj samotnej simulácie pre minimalizáciu energie a produkciu dát. Cvičenie bolo realizované pomocou interaktívneho Jupyter notebooku. Zaujímavou súčasťou boli výpočty s využitím a porovnaním výkonu aplikácie na CPU a GPU výpočtových serveroch.
Druhý deň workshopu bol venovaný nástroju HADDOCK, ktorý sa používa na integratívne modelovanie rôznych typov biomolekulových systémov a ich interakcií. V súčasnosti je dostupná verzia HADDOCK3, ktorá ponúka okrem „data-driven docking“ aj modulárne nastavenie pracovného toku. Používateľ si môže pre svoj špecifický prípad vybrať vlastnú kombináciu nezávislých modulov.
Linky k materiálom nájdete na stránke workshopu TU. Ďakujeme všetkým partnerom a veríme, že prednášky a cvičenia boli pre účastníkov prínosné a že podobné podujatia vďaka spolupráci s komunitou EuroCC a centier excelentnosti ponúkneme aj v budúcnosti.
BeeGFS v praxi — Paralelné súborové systémy pre HPC, AI a dátovo náročné úlohy 6 feb - Tento webinár predstaví BeeGFS, popredný paralelný súborový systém navrhnutý na podporu náročných HPC, AI a dátovo intenzívnych pracovných záťaží. Odborníci zo spoločnosti ThinkParQ vysvetlia, ako paralelné súborové systémy fungujú, aká je architektúra BeeGFS a ako sa používa v praxi v akademickom, výskumnom a priemyselnom prostredí.
Keď výrobná linka vie, čo sa stane o 10 minút 5 feb - Každý výpadok na výrobnej linke znamená stres. Stroje stoja, ľudia čakajú, výroba sa spomaľuje a rozhodnutia sa robia pod tlakom. V potravinárstve, najmä pri výrobe plnených cestovinových výrobkov, kde proces prebieha v presne nadväzujúcich technologických krokoch, môže jeden nečakaný problém na konci linky zastaviť celý výrobný tok. Čo keby však výrobná linka dokázala vopred upozorniť, že o pár minút nastane problém? Alebo pomôcť rozhodnúť už počas zmeny, či sa ešte dnes oplatí plánovať balenie? Presne tieto otázky stáli na začiatku spolupráce výskumného tímu, ktorý spojil priemyselné dáta, umelú inteligenciu a superpočítačový výkon.
Kto vlastní AI v rámci organizácie? — Operatívna zodpovednosť 5 feb - Tento webinár sa zameriava na to, ako môžu organizácie nastaviť jasnú operatívnu zodpovednosť a vlastníctvo AI systémov primeraným a prakticky realizovateľným spôsobom. Na základe praktických skúseností z oblasti ochrany osobných údajov, AI governance a compliance sa Petra Fernandes bude venovať modelom riadenia, ktoré fungujú v praxi — pre malé a stredné podniky aj pre väčšie organizácie. Pozornosť bude venovaná interným procesom, ktoré organizáciám pomáhajú udržať kontrolu nad AI systémami v čase, bez zbytočnej administratívnej záťaže.