Spolupráca NCC a CoE: BioExcel workshop on GROMACS and HADDOCK
V dňoch 18. a 19. októbra 2023 sa v Bratislave konal workshop zameraný na prácu so softvérovými nástrojmi GROMACS a HADDOCK. Workshop bol výsledkom spolupráce kompetenčných centier na Slovensku, v Rakúsku, Českej republike a Maďarsku s centrom excelentnosti BioExcel. Tím BioExcel CoE vyvíja obe aplikácie a tak mohli skúsení lektori nielen ukázať bežné simulácie a modelovanie, ale aj odpovedať na špecifické otázky účastníkov.
Workshop sa konal v hybridnom formáte. Keďže hostiteľskou organizáciou bolo NCC Slovensko (s podporou rakúskeho NCC), pre hands-on cvičenia sa využíval nový slovenský superpočítač Devana. Okrem teoretickej prednášky si počas prvého dňa účastníci vyskúšali simuláciu molekulovej dynamiky pre jednoduchý membránový proteín pomocou GROMACS vrátane nastavenia vstupných súborov, ako aj samotnej simulácie pre minimalizáciu energie a produkciu dát. Cvičenie bolo realizované pomocou interaktívneho Jupyter notebooku. Zaujímavou súčasťou boli výpočty s využitím a porovnaním výkonu aplikácie na CPU a GPU výpočtových serveroch.
Druhý deň workshopu bol venovaný nástroju HADDOCK, ktorý sa používa na integratívne modelovanie rôznych typov biomolekulových systémov a ich interakcií. V súčasnosti je dostupná verzia HADDOCK3, ktorá ponúka okrem „data-driven docking“ aj modulárne nastavenie pracovného toku. Používateľ si môže pre svoj špecifický prípad vybrať vlastnú kombináciu nezávislých modulov.
Linky k materiálom nájdete na stránke workshopu TU. Ďakujeme všetkým partnerom a veríme, že prednášky a cvičenia boli pre účastníkov prínosné a že podobné podujatia vďaka spolupráci s komunitou EuroCC a centier excelentnosti ponúkneme aj v budúcnosti.
MATLAB v kocke: Možnosti systému MATLAB v príkladoch a aplikáciách 11 sep - Pozývame Vás na webinár „MATLAB v kocke“, ktorý priblíži prostredie MATLAB a jeho široké možnosti využitia. MATLAB je výkonný inžiniersky nástroj a interaktívne prostredie určené na vedecké a technické výpočty, analýzu a spracovanie dát, vizualizáciu a tvorbu algoritmov. V priebehu seminára sa účastníci oboznámia so základným rozhraním MATLABu, spôsobom jeho fungovania a praktickým využitím pri riešení rôznych úloh. Predstavená bude aj nadstavba Simulink, ktorá umožňuje modelovanie a simuláciu dynamických systémov alebo modelovanie algoritmov.
Ako komunikovať vedu a technológie efektívne: skúsenosti nášho tímu 22 aug - Náš tím sa dlhodobo venuje nielen rozvoju vysokovýkonného počítania, ale aj efektívnej komunikácii výsledkov a možností, ktoré prinášame priemyslu, akademickej sfére a mladej generácii výskumníkov. Považujeme to za kľúčovú súčasť našej práce – moderná vedecká a technologická inštitúcia dnes nemôže fungovať izolovane, ale musí vedieť jasne a zrozumiteľne komunikovať hodnotu a prínos svojich aktivít.
HPC a MATLAB: Silné partnerstvo pre dostupné superpočítače 19 aug - Minulý týždeň sa uskutočnilo zaujímavé pracovné stretnutie, na ktorom sa Lucia Malíčková, zastrešujúca Národné superpočítačové centrum a Národné kompetenčné centrum pre HPC, stretla s Martinom Foltínom zo spoločnosti HUMUSOFT s.r.o., oficiálneho distribútora MathWorks.