Spolupráca NCC a CoE: BioExcel workshop on GROMACS and HADDOCK
V dňoch 18. a 19. októbra 2023 sa v Bratislave konal workshop zameraný na prácu so softvérovými nástrojmi GROMACS a HADDOCK. Workshop bol výsledkom spolupráce kompetenčných centier na Slovensku, v Rakúsku, Českej republike a Maďarsku s centrom excelentnosti BioExcel. Tím BioExcel CoE vyvíja obe aplikácie a tak mohli skúsení lektori nielen ukázať bežné simulácie a modelovanie, ale aj odpovedať na špecifické otázky účastníkov.
Workshop sa konal v hybridnom formáte. Keďže hostiteľskou organizáciou bolo NCC Slovensko (s podporou rakúskeho NCC), pre hands-on cvičenia sa využíval nový slovenský superpočítač Devana. Okrem teoretickej prednášky si počas prvého dňa účastníci vyskúšali simuláciu molekulovej dynamiky pre jednoduchý membránový proteín pomocou GROMACS vrátane nastavenia vstupných súborov, ako aj samotnej simulácie pre minimalizáciu energie a produkciu dát. Cvičenie bolo realizované pomocou interaktívneho Jupyter notebooku. Zaujímavou súčasťou boli výpočty s využitím a porovnaním výkonu aplikácie na CPU a GPU výpočtových serveroch.
Druhý deň workshopu bol venovaný nástroju HADDOCK, ktorý sa používa na integratívne modelovanie rôznych typov biomolekulových systémov a ich interakcií. V súčasnosti je dostupná verzia HADDOCK3, ktorá ponúka okrem „data-driven docking“ aj modulárne nastavenie pracovného toku. Používateľ si môže pre svoj špecifický prípad vybrať vlastnú kombináciu nezávislých modulov.
Linky k materiálom nájdete na stránke workshopu TU. Ďakujeme všetkým partnerom a veríme, že prednášky a cvičenia boli pre účastníkov prínosné a že podobné podujatia vďaka spolupráci s komunitou EuroCC a centier excelentnosti ponúkneme aj v budúcnosti.
Keď sa technológia stretne s inklúziou: Vízia pre spravodlivú spoločnosť 25 júl - V uplynulých dňoch sa uskutočnilo inšpiratívne stretnutie medzi Luciou Maličkovou, projektovou manažérkou v Národnom superpočítačovom centre a Národnom kompetenčnom centre pre vysokovýkonné počítanie (HPC), a Jánom Bihari, vizionárom, zakladateľom Tibi Digital a myšlienkovým lídrom v oblasti digitalizácie rómskej komunity.
Záznam z webinára: Simulovanie spoločností pomocou AI a digitálnych dvojčiat 23 júl - Nestihli ste náš webinár „Digitálne dvojčatá spoločnosti: Simulácie poháňané výpočtami na HPC“? Záznam je už dostupný online. Webinár priniesol inšpiratívne pohľady na to, ako umelá inteligencia, kognitívne modelovanie a multiagentové simulačné technológie pomáhajú vedcom porozumieť a predikovať komplexné spoločenské javy, ako sú šírenie dezinformácií, radikalizácia či spoločenská súdržnosť.
Ženy v HPC 21 júl - Lucia Malíčková, odborníčka na vysokovýkonné počítanie (HPC) a výskumno-inovačné ekosystémy, sa nedávno stala mentorkou v rámci medzinárodného mentoringového programu organizácie Women in High Performance Computing (WHPC). Jej zapojenie do tejto globálnej iniciatívy je dôkazom rastúcej snahy o podporu diverzity a rovnosti príležitostí v technologickom sektore.