Spolupráca NCC a CoE: BioExcel workshop on GROMACS and HADDOCK
V dňoch 18. a 19. októbra 2023 sa v Bratislave konal workshop zameraný na prácu so softvérovými nástrojmi GROMACS a HADDOCK. Workshop bol výsledkom spolupráce kompetenčných centier na Slovensku, v Rakúsku, Českej republike a Maďarsku s centrom excelentnosti BioExcel. Tím BioExcel CoE vyvíja obe aplikácie a tak mohli skúsení lektori nielen ukázať bežné simulácie a modelovanie, ale aj odpovedať na špecifické otázky účastníkov.
Workshop sa konal v hybridnom formáte. Keďže hostiteľskou organizáciou bolo NCC Slovensko (s podporou rakúskeho NCC), pre hands-on cvičenia sa využíval nový slovenský superpočítač Devana. Okrem teoretickej prednášky si počas prvého dňa účastníci vyskúšali simuláciu molekulovej dynamiky pre jednoduchý membránový proteín pomocou GROMACS vrátane nastavenia vstupných súborov, ako aj samotnej simulácie pre minimalizáciu energie a produkciu dát. Cvičenie bolo realizované pomocou interaktívneho Jupyter notebooku. Zaujímavou súčasťou boli výpočty s využitím a porovnaním výkonu aplikácie na CPU a GPU výpočtových serveroch.
Druhý deň workshopu bol venovaný nástroju HADDOCK, ktorý sa používa na integratívne modelovanie rôznych typov biomolekulových systémov a ich interakcií. V súčasnosti je dostupná verzia HADDOCK3, ktorá ponúka okrem „data-driven docking“ aj modulárne nastavenie pracovného toku. Používateľ si môže pre svoj špecifický prípad vybrať vlastnú kombináciu nezávislých modulov.
Linky k materiálom nájdete na stránke workshopu TU. Ďakujeme všetkým partnerom a veríme, že prednášky a cvičenia boli pre účastníkov prínosné a že podobné podujatia vďaka spolupráci s komunitou EuroCC a centier excelentnosti ponúkneme aj v budúcnosti.
Umelá inteligencia v podnikaní: trendy, nástroje a praktické využitie 25 máj - Dňa 20. mája 2025 sa na pôde Univerzity Konštantína Filozofa v Nitre uskutočnila odborná prednáška s názvom „Artificial Intelligence in Business – Trends, Tools, and Practical Use“. Cieľom podujatia bolo predstaviť možnosti využitia umelej inteligencie (AI) v prostredí malých a stredných podnikov a podporiť ich digitálnu transformáciu s využitím vysokovýkonného počítania (HPC).
FF+ a NCC pre HPC: Podpora inovácií prostredníctvom vysokovýkonného počítania 24 máj - Počas medzinárodnej konferencie Austrian-Slovenian HPC Meeting 2025 (ASHPC25), ktorá sa konala 19. – 22. mája 2025 v Rimske Terme v Slovinsku, sa zástupcovia slovenského Národného kompetenčného centra pre vysokovýkonné počítanie (NCC pre HPC) stretli s Tinou Črnigoj, koordinátorkou pre disemináciu a propagáciu projektu Future Factories Plus (FF+). Stretnutie vytvorilo priestor na zmysluplnú odbornú diskusiu a výmenu pohľadov na prepojenie národných iniciatív v oblasti digitalizácie s európskymi strategickými projektmi. Poukázalo na sľubné prieniky medzi projektom FF+ a poslaním Národným kompetenčným centrom pre HPC na Slovensku, najmä v oblastiach pokročilého výpočtového výkonu, inovačného potenciálu a podpory malých a stredných podnikov (MSP), ktoré čelia rastúcim výzvam v oblasti digitalizácie a konkurencieschopnosti.
NCC pre HPC na ASHPC25: Posilňujeme európske partnerstvá 23 máj - V dňoch 19. až 22. mája 2025 sa zástupcovia Národného kompetenčného centra pre vysokovýkonné počítanie (NCC pre HPC) Slovensko zúčastnili prestížnej medzinárodnej konferencie Austrian-Slovenian HPC Meeting 2025 (ASHPC25), ktorá sa konala v krásnom prostredí Rimske Terme v Slovinsku. Podujatie ASHPC25 každoročne prepája expertov, používateľov a poskytovateľov HPC riešení z celej Európy a ponúka priestor na odbornú výmenu najnovších poznatkov, výziev a trendov v oblasti vysokovýkonného počítania. Slovenské kompetenčné centrum pre HPC na konferencii reprezentovali Halyna Hyryavets (komunikačné aktivity, medzinárodná spolupráca), Božidara Pellegrini (podpora inovácií a služby pre súkromný sektor) a Tomáš Kollárik (vzdelávacie aktivity a spolupráca s akademickou obcou).