Spolupráca NCC a CoE: BioExcel workshop on GROMACS and HADDOCK
V dňoch 18. a 19. októbra 2023 sa v Bratislave konal workshop zameraný na prácu so softvérovými nástrojmi GROMACS a HADDOCK. Workshop bol výsledkom spolupráce kompetenčných centier na Slovensku, v Rakúsku, Českej republike a Maďarsku s centrom excelentnosti BioExcel. Tím BioExcel CoE vyvíja obe aplikácie a tak mohli skúsení lektori nielen ukázať bežné simulácie a modelovanie, ale aj odpovedať na špecifické otázky účastníkov.
Workshop sa konal v hybridnom formáte. Keďže hostiteľskou organizáciou bolo NCC Slovensko (s podporou rakúskeho NCC), pre hands-on cvičenia sa využíval nový slovenský superpočítač Devana. Okrem teoretickej prednášky si počas prvého dňa účastníci vyskúšali simuláciu molekulovej dynamiky pre jednoduchý membránový proteín pomocou GROMACS vrátane nastavenia vstupných súborov, ako aj samotnej simulácie pre minimalizáciu energie a produkciu dát. Cvičenie bolo realizované pomocou interaktívneho Jupyter notebooku. Zaujímavou súčasťou boli výpočty s využitím a porovnaním výkonu aplikácie na CPU a GPU výpočtových serveroch.
Druhý deň workshopu bol venovaný nástroju HADDOCK, ktorý sa používa na integratívne modelovanie rôznych typov biomolekulových systémov a ich interakcií. V súčasnosti je dostupná verzia HADDOCK3, ktorá ponúka okrem „data-driven docking“ aj modulárne nastavenie pracovného toku. Používateľ si môže pre svoj špecifický prípad vybrať vlastnú kombináciu nezávislých modulov.
Linky k materiálom nájdete na stránke workshopu TU. Ďakujeme všetkým partnerom a veríme, že prednášky a cvičenia boli pre účastníkov prínosné a že podobné podujatia vďaka spolupráci s komunitou EuroCC a centier excelentnosti ponúkneme aj v budúcnosti.
Pozvánka na online prednášku: Building Europe’s Sovereign AI – The Bielik.AI Case 24 nov - Pozývame vás na odbornú online prednášku „Building Europe’s Sovereign AI – The Bielik.AI Case“, ktorá sa uskutoční 11. decembra 2025 o 10:00. Podujatie je určené pre odbornú komunitu aj širokú verejnosť so záujmom o umelú inteligenciu, európsku technologickú suverenitu a otvorené AI iniciatívy.
Ako vznikajú projekty, ktoré riešia AI v oblasti priemyslu 2025 19 nov - Umelá inteligencia sa stáva neoddeliteľnou súčasťou európskeho priemyslu aj výskumu a zásadne mení spôsob, akým vznikajú inovatívne projekty. Európska komisia preto prichádza s dvomi novými AI stratégiami – jednou zameranou na aplikovanie umelej inteligencie v kľúčových priemyselných sektoroch a druhou na vedecké využitie AI. Tieto iniciatívy prinášajú nové investičné a projektové príležitosti aj pre slovenské inštitúcie a firmy, najmä prostredníctvom programu Horizont Európa.
Online prednáška: HPC & AI – Súperenie alebo spolupráca? 7 nov - Dňa 26. novembra 2025 o 10:00 organizujeme špeciálnu online prednášku venovanú aktuálnej a rýchlo sa vyvíjajúcej téme prepojenia vysokovýkonných výpočtov (HPC) a umelej inteligencie (AI). Naším hosťom bude Erwin Laure, jedna z najvýraznejších osobností európskeho HPC ekosystému.