Spolupráca NCC a CoE: BioExcel workshop on GROMACS and HADDOCK
V dňoch 18. a 19. októbra 2023 sa v Bratislave konal workshop zameraný na prácu so softvérovými nástrojmi GROMACS a HADDOCK. Workshop bol výsledkom spolupráce kompetenčných centier na Slovensku, v Rakúsku, Českej republike a Maďarsku s centrom excelentnosti BioExcel. Tím BioExcel CoE vyvíja obe aplikácie a tak mohli skúsení lektori nielen ukázať bežné simulácie a modelovanie, ale aj odpovedať na špecifické otázky účastníkov.
Workshop sa konal v hybridnom formáte. Keďže hostiteľskou organizáciou bolo NCC Slovensko (s podporou rakúskeho NCC), pre hands-on cvičenia sa využíval nový slovenský superpočítač Devana. Okrem teoretickej prednášky si počas prvého dňa účastníci vyskúšali simuláciu molekulovej dynamiky pre jednoduchý membránový proteín pomocou GROMACS vrátane nastavenia vstupných súborov, ako aj samotnej simulácie pre minimalizáciu energie a produkciu dát. Cvičenie bolo realizované pomocou interaktívneho Jupyter notebooku. Zaujímavou súčasťou boli výpočty s využitím a porovnaním výkonu aplikácie na CPU a GPU výpočtových serveroch.
Druhý deň workshopu bol venovaný nástroju HADDOCK, ktorý sa používa na integratívne modelovanie rôznych typov biomolekulových systémov a ich interakcií. V súčasnosti je dostupná verzia HADDOCK3, ktorá ponúka okrem „data-driven docking“ aj modulárne nastavenie pracovného toku. Používateľ si môže pre svoj špecifický prípad vybrať vlastnú kombináciu nezávislých modulov.
Linky k materiálom nájdete na stránke workshopu TU. Ďakujeme všetkým partnerom a veríme, že prednášky a cvičenia boli pre účastníkov prínosné a že podobné podujatia vďaka spolupráci s komunitou EuroCC a centier excelentnosti ponúkneme aj v budúcnosti.
Posilňovanie slovensko-rumunskej spolupráce a rozvoj vedeckého partnerstva 8 dec - Národný deň Rumunska je významným historickým míľnikom, ktorý pripomína Veľkú úniu z roku 1918, keď sa Sedmohradsko, Besarábia a Bukovina spojili s Rumunským kráľovstvom. Tento moment položil základy moderného rumunského štátu a dodnes predstavuje silný symbol národnej identity a jednoty.
Zúčastnili sme sa High-Level Summit on AI v Bratislave 2 dec -
Zučastnili sme sa prestížneho High-Level Summit on AI – BratislavAI Forum 2025, ktorý predstavuje jeden z najvýznamnejších aktuálnych európskych príspevkov k formovaniu globálnej architektúry správy umelej inteligencie. Lucia Malíčková reprezentovala naše odborné kapacity v oblasti umelej inteligencie, dátových ekosystémov a digitálnych inovácií.
NCC Slovensko na podnikateľskej misii v Portugalsku počas štátnej návštevy prezidenta SR 2 dec - V dňoch 26. – 27. novembra 2025 sa Národné superpočítačové centrum (NSCC) zúčastnilo podnikateľskej misie v Portugalsku pri príležitosti štátnej návštevy prezidenta SR Petra Pellegriniho. NSCC na misii reprezentovala Božidara Pellegrini, ktorá zároveň zastupovala Národné kompetenčné centrum pre HPC (NCC Slovensko) – súčasť NSCC zodpovednú za projekt EuroCC a podporu prístupu slovenských subjektov k výpočtovým kapacitám v rámci siete EuroHPC JU. Delegáciu tvorilo takmer 20 inovatívnych slovenských spoločností pôsobiacich v oblasti digitálnych riešení, informačných technológií, inteligentných miest a energetiky.