Spolupráca NCC a CoE: BioExcel workshop on GROMACS and HADDOCK
V dňoch 18. a 19. októbra 2023 sa v Bratislave konal workshop zameraný na prácu so softvérovými nástrojmi GROMACS a HADDOCK. Workshop bol výsledkom spolupráce kompetenčných centier na Slovensku, v Rakúsku, Českej republike a Maďarsku s centrom excelentnosti BioExcel. Tím BioExcel CoE vyvíja obe aplikácie a tak mohli skúsení lektori nielen ukázať bežné simulácie a modelovanie, ale aj odpovedať na špecifické otázky účastníkov.
Workshop sa konal v hybridnom formáte. Keďže hostiteľskou organizáciou bolo NCC Slovensko (s podporou rakúskeho NCC), pre hands-on cvičenia sa využíval nový slovenský superpočítač Devana. Okrem teoretickej prednášky si počas prvého dňa účastníci vyskúšali simuláciu molekulovej dynamiky pre jednoduchý membránový proteín pomocou GROMACS vrátane nastavenia vstupných súborov, ako aj samotnej simulácie pre minimalizáciu energie a produkciu dát. Cvičenie bolo realizované pomocou interaktívneho Jupyter notebooku. Zaujímavou súčasťou boli výpočty s využitím a porovnaním výkonu aplikácie na CPU a GPU výpočtových serveroch.
Druhý deň workshopu bol venovaný nástroju HADDOCK, ktorý sa používa na integratívne modelovanie rôznych typov biomolekulových systémov a ich interakcií. V súčasnosti je dostupná verzia HADDOCK3, ktorá ponúka okrem „data-driven docking“ aj modulárne nastavenie pracovného toku. Používateľ si môže pre svoj špecifický prípad vybrať vlastnú kombináciu nezávislých modulov.
Linky k materiálom nájdete na stránke workshopu TU. Ďakujeme všetkým partnerom a veríme, že prednášky a cvičenia boli pre účastníkov prínosné a že podobné podujatia vďaka spolupráci s komunitou EuroCC a centier excelentnosti ponúkneme aj v budúcnosti.
Chráňte svoje dáta! Zajtra si pripomíname Deň bezpečnejšieho internetu 10 feb - 11. februára si pripomíname Deň bezpečnejšieho internetu (Safer Internet Day, SID), globálnu iniciatívu zameranú na zvýšenie povedomia o kybernetickej bezpečnosti a ochrane osobných údajov. Tento deň každoročne zdôrazňuje dôležitosť bezpečnosti v online priestore a podporuje aktivity, ktoré pomáhajú chrániť najmä mladých používateľov internetu.
Devana: Výzva na podávanie projektov pre štandardný prístup k HPC 1/25 19 jan - Výzva na podávanie projektov pre štandardný prístup k
HPC 1/25 je otvorená. Projekty je možné podávať v rámci otvorených výziev 3 krát do roka. O prístup je
možné požiadať výhradne prostredníctvom používateľského portálu register.nscc.sk.
Odborná konferencia Superpočítač a Slovensko v Bratislave 15 nov - Dňa 14. novembra 2024 sa v hoteli Devín v Bratislave uskutočnila odborná konferencia s názvom Superpočítač a Slovensko, ktorú zorganizovalo Ministerstvo investícií, regionálneho rozvoja a informatizácie SR. Konferencia sa zameriavala na aktuálne trendy a vývoj v oblasti vysokorýchlostného počítania na Slovensku. Súčasťou podujatia bola prezentácia L. Demovičovej z Národného kompetenčného centra pre HPC.