Spolupráca NCC a CoE: BioExcel workshop on GROMACS and HADDOCK
V dňoch 18. a 19. októbra 2023 sa v Bratislave konal workshop zameraný na prácu so softvérovými nástrojmi GROMACS a HADDOCK. Workshop bol výsledkom spolupráce kompetenčných centier na Slovensku, v Rakúsku, Českej republike a Maďarsku s centrom excelentnosti BioExcel. Tím BioExcel CoE vyvíja obe aplikácie a tak mohli skúsení lektori nielen ukázať bežné simulácie a modelovanie, ale aj odpovedať na špecifické otázky účastníkov.
Workshop sa konal v hybridnom formáte. Keďže hostiteľskou organizáciou bolo NCC Slovensko (s podporou rakúskeho NCC), pre hands-on cvičenia sa využíval nový slovenský superpočítač Devana. Okrem teoretickej prednášky si počas prvého dňa účastníci vyskúšali simuláciu molekulovej dynamiky pre jednoduchý membránový proteín pomocou GROMACS vrátane nastavenia vstupných súborov, ako aj samotnej simulácie pre minimalizáciu energie a produkciu dát. Cvičenie bolo realizované pomocou interaktívneho Jupyter notebooku. Zaujímavou súčasťou boli výpočty s využitím a porovnaním výkonu aplikácie na CPU a GPU výpočtových serveroch.
Druhý deň workshopu bol venovaný nástroju HADDOCK, ktorý sa používa na integratívne modelovanie rôznych typov biomolekulových systémov a ich interakcií. V súčasnosti je dostupná verzia HADDOCK3, ktorá ponúka okrem „data-driven docking“ aj modulárne nastavenie pracovného toku. Používateľ si môže pre svoj špecifický prípad vybrať vlastnú kombináciu nezávislých modulov.
Linky k materiálom nájdete na stránke workshopu TU. Ďakujeme všetkým partnerom a veríme, že prednášky a cvičenia boli pre účastníkov prínosné a že podobné podujatia vďaka spolupráci s komunitou EuroCC a centier excelentnosti ponúkneme aj v budúcnosti.
EuroHPC Summit 2025: Tri dni plné inovácií, diskusií a inšpirácie 24 mar - V dňoch 18. – 20. marca sme sa zúčastnili prestížneho EuroHPC Summitu 2025, ktorý sa tento rok konal v Krakove. Počas troch nabitých dní sa na jednom mieste stretli odborníci, výskumníci, inovátori a zástupcovia inštitúcií z celej Európy, aby diskutovali o budúcnosti vysokovýkonného počítania (HPC), umelej inteligencie (AI) a kvantových technológií. Prvý deň bol zameraný na strategické smerovanie európskeho HPC ekosystému. Veľmi zaujímavou bola aj diskusia o tzv. AI Factories – iniciatívach, ktoré majú posilniť európske postavenie v oblasti umelej inteligencie. 
Superpočítače a agrosektor: Rozbiehame spoluprácu s SPU 21 mar - Tento týždeň sme absolvovali pracovné rokovanie na Slovenskej poľnohospodárskej univerzite (SPU) v Nitre, počas ktorého sme spolu s odborníkmi z rôznych oblastí diskutovali o možnostiach spolupráce v oblasti výskumu, inovácií a vzdelávania. Hlavným cieľom stretnutia bolo preskúmať potenciál prepojenia odborných kapacít univerzity s výpočtovým výkonom a expertízou Národného superpočítačového centra (NSCC) a Národného kompetenčého centra pre HPC (NCC pre HPC).
Keď sa stretne energetika a superpočítač: Spolupráca s IPEEK 20 mar - Dňa 20. marca sme v Nitre rokovali so zástupcami Ipeľského energetického a environmentálneho klastra (IPEEK). Cieľom stretnutia bolo identifikovať možnosti spolupráce pri využití vysokovýkonnej výpočtovej infraštruktúry (HPC) na podporu projektov v oblasti energetiky, obnoviteľných zdrojov a environmentálnych inovácií.